MariaDB est un fork compatible avec MySQL. La migration est donc relativement simple. Les étapes à suivre sur Gentoo : Ajouter les keywords suivants :

=virtual/mysql-5.5 ~amd64
=dev-db/mariadb-5.5.32 ~amd64

Désinstaller MySQL et installer mariaDB :

emerge -C mysql
emerge mardiadb

Mettre à jour les fichiers de configuration avec dispatch-conf. Attention, ZFS on Linux ne supporte pas encore l'AIO natif utilisé par les versions récentes d'InnoDB (https://github.com/zfsonlinux/zfs/issues/223). Il faut donc le désactiver dans le my.cnf (voir http://www.percona.com/forums/questions-discussions/mysql-and-percona-server/6573-unable-to-change-data-directory-to-zfs-on-percona-5-5):

innodb_use_native_aio=0

Relancer MariaDB et les scripts de migration :

/etc/init.d/mysql restart
mysql_upgrade -u root -p
mysqlcheck --repair --all-databases -u root -p